Conda环境的使用

Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统。使用Conda有利于我们对安装的软件进行版本管理。

安装

使用下方命令下载conda安装脚本并执行

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wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

添加conda到环境变量，并生效；PATH路径就是使用wget的路径
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export PATH=/home/ubuntu/shanghai/conda
source ~/.bashrc

输入conda查看是否安装成功
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# test conda
conda

conda配置

配置conda使用的channels

# config channels
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes 
conda config --get channels

在shell脚本中使用conda环境

source /datapool/home/shenh/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate snakemake

snakemake -h

常用conda命令

新建conda环境

可以使用下方的命令新建conda环境。同时还可以额外指定新环境的conda版本
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conda create --name myenv python=3.8

查看conda环境

1	conda env list

删除conda环境

1	conda remove --name myenv --all